Ceptura a făcut parte din județul Saac, până la desființarea acestuia în anul 1847. La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna se afla în plasa Cricovul din județul Prahova, având 6 cătune (cele actuale, plus Valea Gardului, sat absorbit între timp de cel de reședință). Populația totală era de 2338 de locuitori, iar comuna avea o școală de la 1848, frecventată de 151 de copii, și 5 biserici (3 în Ceptura de Sus și de Jos, câte unul în Șoimești și Rotari), plus un mic schit ce aparținea mănăstirii Căldărușani.

În perioada 1925, comuna avea deja actuala componență, făcând parte din aceeași plasă. Temporar, în 1931, i-a fost arondat și satul Bozieni, sat aproape dispărut, aflat pe teritoriul comunei vecine Fântânele.

În 1950, ea a trecut la raionul Urlați al regiunii Prahova, și apoi (după 1952) al regiunii Ploiești. În 1968 a redevenit parte a județului Prahova, reînființat.